А власти СССР и США в 1988 году договорились о невмешательстве в дела Афганистана. Начавшийся в мае 1988 года вывод войск из Афганистана закончился 15 февраля 1989 года. Группы советских войск окончательно покинули эту страну.
После окончания войны в СССР были опубликованы цифры погибших советских солдат с разбивкой по годам:

1979 год 86 человек

1980 год 1 484 человека

1981 год 1 298 человек

1982 год 1 948 человек

1983 год 1 446 человек

1984 год 2 343 человек

1985 год 1 868 человек

1986 год 1 333 человека

1987 год 1 215 человек

1988 год 759 человек

1989 год 53 человека

Итого - 13 833 человека. Эти данные впервые появились в газете «Правда» в августе 1989 года. В дальнейшем итоговая цифра несколько увеличилась, предположительно за счёт умерших от последствий ранений и болезней после увольнения из вооружённых сил. По состоянию на 1 января 1999 года безвозвратные потери в Афганской войне (убитые, умершие от ран, болезней и в происшествиях, пропавшие без вести) оценивались следующим образом[31]:

Советская Армия - 14 427
КГБ - 576
МВД - 28
Итого - 15 051 человек. Санитарные потери - почти 54 тыс. раненных, контуженных травмированных; 416 тыс. заболевших.